Виступав за киян у першості ДЮФЛУ. З 2017 року грав у юнацькому чемпіонаті України, ставши найкращим бомбардиром юнацької першості 2017/18 з 17 голами, чим допоміг своїй команді святкувати успіх у турнірі.
13 квітня 2019 року в матчі чемпіонату України проти «Маріуполя» (1:0) Ісаєнко дебютував за першу команду «біло-синіх», замінивши на 70-й хвилині Сергія Сидорчука. Втім здебільшого Ісаєнко продовжував грати за молодіжну команду і став найкращим бомбардиром команди U-21 сезону 2019/20 (8 м'ячів у 16 матчах). Є автором пента-трику, за «Динамо» U-21 забив 5 голів в ворота донецького «Олімпіка» U-21 (9:0) у першому турі молодіжного чемпіонату України сезону 2020/21. Через кілька днів після цього Ісаєнко був відданий в оренду в «Колос» (Ковалівка) до кінця сезону. 12 вересня 2020 року дебютував за ковалівців у матчі Прем'єр-ліги проти «Львова» (4:0), в якому і забив свій перший гол у вищому дивізіоні.
23 вересня 2017 року дебютував на чемпіонаті Європи серед юнаків до 17 років у матчі відбіркового раунду проти Литви. З юнацькою збірною був учасником чемпіонату Європи до 17 років у 2017 році. Наразі виступає за молодіжну збірну України U-21.

Сезон 2021/2022 розпочав в оренді в одеському "Чорноморці", де протягом першої частини зіграв 18 матчів, в яких забив 2 голи.

В лютому 2022 року знову приєднався до "Колосу", де буде грати на правах оренди.