Після завершення навчання був зарахований в юнацьку команду «приазовців». Сезон 2014/15 років футболіст починав в команді U-19, але вже восени став гравцем молодіжного складу, а наступної весни дебютував і в Прем'єр-лізі. 18 квітня 2015 року в домашньому матчі проти донецького «Металурга» Кравченко на 90-й хвилині замінив Дмитра Скоблова, ставши 227-им гравцем маріупольців, який коли-небудь виступав у Прем'єр-лізі та сьомим футболістом з прізвищем «Кравченко» в історії чемпіонатів України. Наступного разу в головній команді маріупольців молодий футболіст зіграв в останньому турі чемпіонату проти ще одного донецького клубу — «Олімпіка», вийшовши на поле після перерви замість Максима Ілюка.
У липні 2015 року підписав контракт з київським «Динамо». Дебютував за юнацьку команду «біло-синіх» 1 серпня 2015 року в першому турі чемпіонату U-19 проти «Олександрії» (0:1). А за першу команду дебютував 26 квітня 2017 року в Кубку України проти «Миколаєва» (4:0), коли вийшов на заміну Віторіну Антунешу на 69-й хвилині. Так і не пробившись до основного складу, Кравченко зіграв за столичну команду лише 3 гри у чемпіонаті і одну в кубку.
У січні 2020 року Микита був відданий в оренду в «Олімпік» (Донецьк), за який провів 12 поєдинків і зумів відзначитися однією результативною передачею. По завершенні сезону 2019/20 орендна угода, на правах якого Микита виступав за «Олімпік», підійшла до кінця і футболіст повернувся в розташування київського «Динамо». Втім вже за кілька днів Кравченко знову був відданий в оренду, цього разу в «Колос» (Ковалівка) до кінця сезону 2020/21.
Приймав участь у другому матчі кваліфікації до Ліги Європи сезону 2020/21, в якому «Колос» поступився в Хорватії «Рієкі» у додатковий час 2:0. Рахунок основного часу гри – 0:0. Кравченко відіграв у тому матчі усі 120 хвилин.

Сезон 2021/22 провів в оренді в СК "Дніпро-1", зігравши у 14-ти матчах. Першу частину сезону провів вже у складі київського "Динамо", прийнявши участь у 3 матчах.

В лютому 2023 року вдруге перейшов до "Колосу" на правах оренди від київського "Динамо". Орендна угода розрахована до кінця поточоного календарного року.