В іграх у Вищій лізі чемпіонату України за основний склад київського «Динамо» дебютував 17 червня 2007 року. А наступного місяця вийшов в основному складі матчу за Суперкубок України, у якому допоміг киянам здобути трофей. Проте через високу конкуренцію на позиції форварда не зміг закріпитися в динамівській «основі» й на початку 2008 року був відданий в оренду до київського «Арсенала», у складі якого провів півтора сезони.
На початку сезону 2009/10 Лисенко повернувся до «Динамо», однак провівши лише одну гру за дублюючий склад команди, після непростих переговорів поїхав до харківського «Металіста», який викупив його контракт. 
У харківському клубі Лисенко зіграв в першому сезоні 14 матчів у Прем'єр-лізі. 
В 2011 був відданий в оренду до  «Волині».
Після закінчення строку дії оренди, Лисенко повернувся до «Металіста»            14 липня 2011 року був віданний в оренду у «Кривбас» із Кривого Рогу, у якому провів цілий сезон, зігравши у 18 матчах чемпіонату.
Влітку 2012 року Володимир повернувся до Харкова, де за півроку зіграв ще у трьох матчах чемпіонату, після чого 19 січня 2013 року на правах оренди до кінця сезону перейшов в ужгородську «Говерлу». У складі «закарпатців» дебютував 3 березня й відразу відзначився голом у воротах «Зорі» і став основним форвардом команди. Протягом року провів в ужгородській команді 25 матчів.
На початку 2014 року на правах вільного агента підписав контракт на 2,5 роки із «Севастополем». Однак у червні 2014 року клуб припинив своє існування й Лисенко знову став вільним агентом.
На сезон 2014/15 Прем'єр-ліги був заявлений за клуб-дебютант «Олімпік» (Донецьк). Взимку 2016/17 залишив «Олімпік» після завершення терміну контракту.
10 лютого 2017 року було офіційно оголошено про підписання контракту з чернігівською «Десною».
У «Колос» Володимир перейшов перед початком сезону 2017/18 та провів два сезони у Першій лізі ПФЛ, підвищившись разом з клубом у класі.
Вийшовши на поле у матчі першого туру сезону 2019/20 проти «Маріуполя» (2:1)
До збірних команд України почав викликатись у 15-річному віці. Дебютував у формі збірної у грі юнацької команди U-15 проти молдовських однолітків 12 травня 2003 року (перемога 1:0). З того часу регулярно виступав у юнацьких та молодіжних збірних України різних вікових категорій.
У складі молодіжної збірної України U-21 провів дебютну гру 21 серпня 2007 року проти однолітків з Ізраїлю (нічия 1:1). Усього за «молодіжку» провів 24 матчі, у яких забив 4 м'ячі.
Лисенко є найтитулованішим гравцем «Колосу», вигравши три великих трофеї за свою кар’єру:
- Чемпіон України: 2006/07 ("Динамо")
- Володар Кубка України: 2006/07 ("Динамо")
- Володар Суперкубка України: 2007 ("Динамо")
- Бронзовий призер Чемпыонату України: 2009/10 ("Металіст")