Він починав кар’єру в «Оболоні», далі було київське «Динамо», зокрема «Динамо-2», де півзахисник провів більшість матчів. Далі були – «Говерла» та «Ворскла».
У сезоні 2019/2020 Мякушко грав за «Карпати», а потім він перебрався до другого іспанського дивізіону, де захищав кольори «Алькоркорну». Надалі була Польща, клуб «Подбескідзе» з Бельска Бьяли. І в осени минулого року Сергій став гравцем «Минаю». В активі гравця є виклик до лав збірної України, де футболіст зіграв один товариський матч в 2017 році проти Словаччини.